ENAV adotta un modello di governo tradizionale il quale, ferme le attribuzioni riservate ai sensi di legge e di Statuto all’Assemblea, attribuisce la gestione strategica e operativa della Società al Consiglio di Amministrazione e la funzione di vigilanza al Collegio Sindacale
L'Assemblea degli azionisti ha il compito di adottare le decisioni più rilevanti per la vita della Società, tra cui la nomina degli organi sociali – Consiglio di Amministrazione e Collegio Sindacale – l’approvazione del bilancio e le deliberazioni in merito alla distribuzione dei dividendi.
La gestione della Società spetta al Consiglio di Amministrazione, il quale compie le operazioni necessarie per l'attuazione dell'oggetto sociale. Il Consiglio di Amministrazione ha delegato parte delle proprie competenze gestionali all' Amministratore Delegato e ha nominato al proprio interno tre Comitati con funzioni propositive e consultive.
I ruoli di Presidente e di Amministratore Delegato risultano separati e ad entrambi compete la rappresentanza della Società.
Il Collegio Sindacale ha il compito di vigilare, tra l'altro, sull'osservanza della legge e dello Statuto e sul rispetto dei principi di corretta amministrazione.
La revisione legale è affidata ad una società di revisione e la gestione finanziaria della Società è sottoposta al controllo della Corte dei conti, come previsto dalla legge 21 marzo 1958, n. 259.